1、基督教和三自教区别：
2、元首不同 ：三自教以政府为首，以宗教政策为原则管理；基督教以基督为元首，以圣经教导为依据治理；
3、圣职设立不同 ：三自教内圣职人员必须由宗教事务局批准后才能设立。基督教是按圣灵的恩膏，受真理的装备，有恩赐，被教会认可，合乎属灵的道德品质而设立。
4、根基不同： 三自教是由政府所发起的三自革新运动而产生，并以吴耀宗为首的社会福音派为主流。部分三自教发起者并非基督徒。 基督教是以圣经为信仰基础，又继承基要派 及福音派之传统而发展的。
5、道路不同 ：三自教实行政教合一，顺从政府
